全外顯子測序

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2021-06-14


全外顯子測序


致死致殘性單基因病? ??技術(shù)簡(jiǎn)介


全外顯子測序(Whole?Exome Sequencing,WES)是較常見(jiàn)的基因組測序方法,通過(guò)利用探針雜交富集外顯子區域的DNA序列,進(jìn)行高通量測序,來(lái)發(fā)現與蛋白質(zhì)功能變異相關(guān)遺傳突變的技術(shù)手段。外顯子是人基因組的蛋白編碼區域,雖僅占全基因組1%左右,但覆蓋了85%的致病突變。通過(guò)測序所獲取的數據,結合大量的公共數據庫提供的外顯子致病信息,有利于更好地解釋所得變異與疾病的關(guān)系。相比于全基因組測序,外顯子組測序更高深度、更加經(jīng)濟、高效。

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致死致殘性單基因病? ??技術(shù)優(yōu)勢

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l?直接對蛋白編碼序列進(jìn)行測序,擁有可靠的基因突變鑒定方案和權威的突變鑒定軟件,找出影響蛋白結構的變異

l?高捕獲效率,高深度測序,可發(fā)現變異頻率低于1%的罕見(jiàn)變異

l?僅針對外顯子組區域,有效降低測序費用、存儲空間和工作

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致死致殘性單基因病? ??技術(shù)流程


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WES


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致死致殘性單基因病? ??應用領(lǐng)域及檢測意義:


l?單基因遺傳?。?jiǎn)位虿。系聽(tīng)栠z傳?。┑妮o助診斷

l?復雜性疾?。荷婕岸鄠€(gè)系統的復雜疾病輔助診斷

l?家系/群體分析:通過(guò)大量病例關(guān)聯(lián)分析,尋找新基因或已知基因的新突變

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致死致殘性單基因病? ??數據分析


信息分析從測序的下機數據(raw data)開(kāi)始,原始下機數據過(guò)濾掉接頭、低質(zhì)量堿基、未測出的堿基(以N 表示)后比對到參考基因組上,進(jìn)行SNP檢測和InDel或者CNV分析,然后通過(guò)數據庫注釋?zhuān)瑢ψ儺悪z測的結果通過(guò)基于變異有害性、樣本情況和基因功能表型三種分析策略,篩選出于疾病相關(guān)的有害性位點(diǎn)或基因。另外, 為了保證高質(zhì)量的測序數據,在整個(gè)分析流程中設置了嚴格的數據質(zhì)控體系(QC)。

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致死致殘性單基因病? ??樣本類(lèi)型


高純度DNA僅需50ng,全血僅需50ul,同時(shí),來(lái)自羊水、流產(chǎn)物、干血片的DNA均可得到和正常樣本均一性和覆蓋度相差無(wú)幾的測序結果。

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致死致殘性單基因病? ??適宜人群


1.?所有單基因遺傳病疑似患者

2.?臨床危重病癥,預后判斷困難,需要明確診斷并選擇精準治療方案的患者

3.?臨床表型異質(zhì)性強,病因復雜,常規診斷困難的多系統復雜疾病及綜合征患者

4.?已用系統panel檢測,但仍未確診的家族遺傳病患者

5.?家庭已有明確致病基因遺傳病息者,擬生育第二胎進(jìn)行遺傳咨詢(xún)的患者及其親屬

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